Chaque année, en février, les entreprises ont la liberté de verser une partie de la taxe d'apprentissage à une école de leur choix. Comment les écoles affectent elles les ressources de la taxe d'apprentissage. Pour un grand nombre d'établissements, ces fonds financent en premier lieu les équipements de l'outil de formation. Par exemple L'ENSEA (Ecole Supérieure de Mécanique et Aérotechnique) affecte plus de 60% de la taxe à ce poste. Pour d'autres, la taxe finance les cours dispensés par des professionnels extérieurs, comme à l'institut National des Langues Orientales (80%) ou l'Ecole Centrale de Paris (75%). Enfin, les bourses d'étude aux élèves représentent souvent 25% de l'affectation de la taxe. SUPINFO, l'Ecole Supérieure d'Informatique de Paris, promet de reverser 100% de la taxe aux étudiants en 2009!